Il museo archeologico è collocato in un contesto architettonico straordinario, l’ex-convento del Monastero Maggiore di San Maurizio, fondato nell’VIII secolo d.C., dove la storia di Milano antica mostra ancora visibili le sue tracce. Le collezioni sono esposte in diverse sale a seconda della cultura di appartenenza. Al piano terra, superato il primo chiostro (decorazione architettonica di provenienza milanese) si trova la sezione dedicata a Milano Antica. Il percorso di visita continua nel chiostro interno (“la società milanese attraverso le epigrafi") dove è visitabile la torre poligonale (fine III secolo) con affreschi altomedioevali (XIII secolo).Al piano interrato si possono visitare le sezioni di Cesarea Marittima e del Gandhara.Dal chiostro interno del museo, percorrendo la passerella che attraversa le mura romane si raggiunge il nuovo edificio. All’interno della torre poligonale delle mura è esposta una scultura donata al Comune di Milano da Mimmo Paladino. Al piano terra, accanto alla sala conferenze-didattica è stato allestito un percorso dedicato alla musica antica (Suoni Silenti. Immagini e strumenti musicali del Civico Museo Archeologico di Milano).Al primo piano è esposta la sezione Altomedioevale, al secondo la sezione etrusca mentre il terzo piano è dedicato alla sezione greca. Da una piccola saletta in fondo alla sezione etrusca è possibile gettare uno sguardo alle due torri romane del complesso del Monastero Maggiore.