Il Museo comprende la sezione preistorica, che è una delle più antiche del Museo Archeologico. Le collezioni preistoriche e protostoriche comprendono prevalentemente materiali provenienti dall'Italia settentrionale che descrivono la storia del territorio negli ultimi 5000 anni prima di Cristo. Disposti cronologicamente, i ricchissimi materiali documentano punte di particolare eccellenza con i contesti dell'età del Bronzo (cultura palafitticola-terramaricola, culture della Scamozzina-Monza) e dell'età del Ferro (cultura di Golasecca).